Použití generátoru ozónu je mimořádně jednoduché. Na začátku celého procesu je třeba vyklidit z cílového prostoru všechny živé organismy, které by mohly při delším působením ozónu přijít k úhoně. To znamená vyklidit nejenom osoby, ale také zvířata či rostliny. Jakmile bude interiér připraven, je třeba zařízení odpovídajícího výkonu vzhledem k danému prostoru umístit co nejblíže zdroji zápachu nebo kontaminace, aby v dané oblasti byla účinnost, pokud možná maximální. Poté je třeba zavřít všechny okna či prostor utěsnit, aby nedocházelo k úniku ozónu mimo cílový prostor. Následně stačí nastavit časovač zařízení, případně zvolit kýžený výkon, a po zapnutí generátoru ozónu je nezbytné urychleně upustit daný prostor.
Po nastaveném časovém úseku je nutné počkat ještě určitou dobu, ale minimálně 1 hodinu, aby bylo zajištěno, že ozón se rozpadne na obyčejný kyslík, a stane se tak zcela nezávadným. Následně je třeba místnost velmi důkladně vyvětrat, a po určité časové rezervě je možné interiér opět naplno využívat. Jak tedy vidíte, jde o velmi rychlý proces, na jehož konci bude prostor, který nebude nikterak zapáchat, a nebudou se tam nacházet jakékoliv nežádoucí mikroorganismy či třeba viry, které by mohly způsobovat problémy jiným živým organismům.
To vše je zaručeno pouze za předpokladu, že čištění a dezinfekci ozónem spojíte s klasickým mechanickým úklidem a čištěním. Je třeba odstranit hrubé nečistoty, které mohou způsobovat nežádoucí zápach, případně zdroje plísní či třeba potenciální zdroj virů. Pokud by důkladný mechanický úklid neproběhnul, nemohlo by být zajištěno, že dezinfekce ozónem bude mít dlouhého trvání. Po velmi krátké době by se totiž ze zapadlého zdroje mohly opět uvolňovat pachy, plísně a podobné nežádoucí vlivy.
Jednou z nejčastějších otázek při výběru generátoru ozónu je to, jak velký generátor ozónu je vlastně potřebný. Možná si říkáte, že jistotou bude použít, co možná nejsilnější generátor. To by však byla velká chyba. Jakmile je do prostoru vypuštěno až příliš ozónu, může se stát, že charakteristický zápach ozónu zůstane v místnosti ještě několik týdnů po aplikaci. Stejně tak dokáže až příliš velké množství ozónu ničit kovové nebo papírové předměty v daném interiéru. Proto je třeba zvolit takový generátor, který je svou velikostí a výkonem vhodný pro daný interiér.
Při výběru se budete řídit zejména údaji od výrobce těchto zařízení. Bude to zejména poskytovaný výkon, který je nejčastěji udáván v miligramech vytvořeného ozónu za hodinu. Dále je třeba sledovat údaj o maximálním možném prostoru, který je vhodné daným typem generátoru ošetřit. Obecně platí, že čím máte k dispozici menší výkon, tím déle bude třeba nechat generátor puštěný. Zpravidla však jde o provoz v řádech jednotek hodin. Zde je několik příkladů generátorů a jejich vhodnosti pro dané prostory:
Samotnou kapitolou jsou interiéry dopravních prostředků, případně jiné prostory, u kterých se předpokládá vysoké znečištění nebo zamoření. Pro takové prostory je třeba použít nejvýkonnější zdroje ozónu, přičemž ideální je opět pracovat v cyklech, navíc zařízení přesouvat na místa, kde je koncentrace nečistot největší. Při použití generátorů ozónu se nesmí zapomínat také na to, že ozón je těžší než vzduch. Proto jeho účinnost se zvyšující se výškou stropů v daném interiéru klesá. To také znamená, že pro rozměrné interiéry, například auly či výrobní haly, je potřeba zvolit výkonnější zařízení, které je navíc vhodné správně polohovat.